Tras observar, por un lado, la demanda de la comunidad internacional de realizar un seguimiento riguroso e independiente del proceso y, por otro lado, de la sociedad colombiana y las instituciones nacionales, en el sentido de hacer visible el proceso en toda su complejidad, así como de buscar respuestas oportunas a los obstáculos que se presenten y aprender de las buenas prácticas y experiencias de éxito en el ámbito nacional y en otros contextos, el CITpax inició el diseño de diversas herramientas e instrumentos metodológicos con ese fin.

En el marco de un convenio de colaboración firmado en noviembre de 2006 con la Procuraduría General de la Nación (PGN) y contando con la financiación de la Comisión Europea (a través de FIIAPP-EUROsociAL Sector Justicia), se desarrolló una actividad de intercambio con el propósito de diseñar un mecanismo de seguimiento al proceso, en la que el CITpax actuó como entidad ejecutora y la PGN como institución receptora. Para ello, se conformó un grupo de expertos en evaluación de políticas públicas, enfoque de marco lógico y estadísticos, que elaboró un conjunto de matrices e indicadores de seguimiento en cinco ámbitos: el desarme, desmovilización y reintegración (DDR) de los antiguos miembros de los grupos armados ilegales, con particular énfasis en los procesos de reintegración; los procesos judiciales de investigación y enjuiciamiento de los crímenes más graves según la normativa internacional y la participación de las víctimas; las garantías del derecho a la verdad a través de los procesos judiciales y de la reconstrucción de la memoria histórica; los procesos de reparación judicial y administrativa; y, finalmente la calidad de la gestión interinstitucional.